（1）股票範圍存在限制的風險

投資者可以通過港股通買賣的股票存在一定的範圍限制，且港股通股票名單會動態調整。投資者應當關注最新的港股通股票名單。對于被調出的港股通股票，自調整之日起，投資者將不得再行買入。

（2）額度控制的風險

港股通交易存在每日額度限制。在聯交所開市前時段，深交所港股通當日額度使用完畢的，該時段投資者將面臨不能通過深交所港股通進行買入交易的風險；在聯交所持續交易時段或收市競價時段，深交所港股通當日額度使用完畢的，當日投資者將面臨不能通過深交所港股通進行買入交易的風險。

（3）交易日的風險

只有深港兩地均為交易日且能夠滿足結算安排的交易日才為港股通交易日，具體以深交所證券交易服務公司在其指定網站公布的日期為準。

（4）匯率風險

港股通業務過程需要換匯，而如果匯率波動將導致港股通股票日間成交價格與日終結算價格有差異，導致匯兌產生損益。如離岸人民幣發生大幅波動時，該風險則進一步增大。

（5）訂單類型差異的風險

投資者參與聯交所自動對盤系統交易，在聯交所開市前時段和收市競價交易時段應當采用競價限價盤委托，在聯交所持續交易時段應當采用增強限價盤委托。

（6）港股通交易通訊故障的風險

港股通交易中若聯交所與深交所證券交易服務公司之間的報盤系統或者通信鏈路出現故障，可能導致15分鐘以上不能申報和撤銷申報，投資者應當關注因此可能產生的風險。

（7）免費一檔行情延遲的風險

通過港股通業務獲得的香港證券市場免費一檔行情，與付費方式獲得的行情相比，在刷新頻率、檔位顯示等方面存在差異，投資者應當關注依此進行投資決策的風險。

（8）權益證券交易限制的風險

投資者因港股通股票權益分派、轉換、上市公司被收購等情形或者異常情況，所取得的聯交所上市非港股通證券，只能通過港股通賣出，但不得買入，深交所另有規定的除外；因港股通股票權益分派或者轉換等情形取得的聯交所上市股票的認購權利在聯交所上市的，可以通過港股通賣出，但不得行權；因港股通股票權益分派、轉換或者上市公司被收購等所取得的非聯交所上市證券，可以享有相關權益，但不得通過港股通買入或賣出。

（9）權益證券上市延後的風險

中國結算辦理送股、以股息權益選擇認購股份、供股、公開配售等業務，根據香港結算派發權益證券到賬時間，在收到權益證券當日或次日進行業務處理，相應權益證券可于處理日下一港股通交易日上市交易，港股通投資者權益證券可賣首日均較香港市場晚一港股通交易日。

（10）意願申報時間短或不能申報的風險

中國結算在匯總境內投資者意願並處理後再向香港結算申報，故境內申報意願的時間較香港市場短。如香港市場意願申報時間過短或申報期不是A股工作日，可能不能安排境內申報。

（11）新股發行認購限制的風險

投資者通過港股通業務暫不能參與新股發行認購。